Quand un salarié est en arrêt maladie, l'employeur doit gérer deux flux financiers : le maintien de salaire (obligation conventionnelle) et les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) versées par la CPAM. La subrogation est le mécanisme qui permet à l'employeur de percevoir directement les IJSS de la CPAM, à la place du salarié.
Qu'est-ce que la subrogation ?
La subrogation signifie que l'employeur continue de verser le salaire complet (ou partiel) au salarié pendant son arrêt, et perçoit en retour les IJSS de la CPAM. Le salarié ne perçoit qu'un seul bulletin de paie, sans rupture de revenu.
Conditions
La subrogation est possible quand l'employeur pratique le maintien de salaire (total ou partiel) pendant l'arrêt maladie. Ce maintien est généralement prévu par la convention collective ou un accord d'entreprise.
La subrogation est obligatoire quand le maintien de salaire est au moins égal aux IJSS.
Comment fonctionne le maintien de salaire ?
Le Code du travail (article L1226-1) prévoit un maintien de salaire minimum pour les salariés ayant au moins 1 an d'ancienneté :
| Période | Maintien |
|---|---|
| Jours 1 à 3 | Délai de carence — Pas de maintien légal (sauf convention collective) |
| Jours 4 à 30 | 90 % du salaire brut |
| Jours 31 à 60 | 66,66 % du salaire brut |
Ces durées sont augmentées de 10 jours par tranche de 5 ans d'ancienneté (maximum : 90 jours à 90 % + 90 jours à 66,66 %).
Attention : de nombreuses conventions collectives prévoient des conditions plus favorables (maintien à 100 %, pas de délai de carence, durée plus longue).
Comment calculer les IJSS ?
Les indemnités journalières de Sécurité sociale (IJSS) maladie sont calculées par la CPAM :
- Base de calcul : 50 % du salaire journalier de base (moyenne des 3 derniers mois bruts, plafonnée à 1,8 SMIC)
- Montant maximum 2026 : environ 53,31 €/jour (à vérifier sur ameli.fr)
- Délai de carence CPAM : 3 jours (pas de versement les 3 premiers jours)
L'attestation de salaire : le document clé
Pour que la CPAM verse les IJSS (au salarié ou à l'employeur en cas de subrogation), l'employeur doit transmettre une attestation de salaire. Depuis la DSN, cette attestation est transmise via un signalement d'arrêt de travail dans la DSN événementielle — dans les 5 jours ouvrés.
Erreurs fréquentes
- Retard de signalement DSN — retard de versement des IJSS
- Salaire de référence erroné — IJSS mal calculées par la CPAM
- Subrogation non cochée dans la DSN — les IJSS sont versées au salarié au lieu de l'employeur
- Délai de carence conventionnel mal appliqué — trop-perçu ou sous-paiement
Comment traiter la subrogation dans le bulletin de paie ?
Le bulletin doit faire apparaître distinctement :
- Le salaire maintenu par l'employeur
- Les IJSS brutes (qui réduisent le coût pour l'employeur)
- Les cotisations calculées sur la base du salaire maintenu
- La CSG/CRDS spécifique sur les IJSS
C'est un calcul technique qui requiert un paramétrage précis dans le logiciel de paie. Sur Silae, le module subrogation gère automatiquement ces lignes — à condition que le signalement DSN soit correctement effectué.
Peggy Paies et la gestion des arrêts maladie
La gestion des arrêts maladie est l'une des tâches les plus chronophages et les plus sources d'erreurs. Chez Peggy Paies, nous gérons l'intégralité du processus : signalement DSN, calcul du maintien, subrogation CPAM, suivi des remboursements.
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